El proyecto se encargó de restaurar las cubiertas de la iglesia afectadas por un ataque generalizado de termitas a todos los elementos de madera con extrema severidad en algunos de los casos. La cubrición era la existente desde que alguno de los dos grandes terremotos de 1504 y 1755 afectaran gravemente la estructura original de vigas policromadas, pares y tablazón de madera, así como al artesonado de la nave central.
Se decidió no proponer una estructura nueva distinta a la original. La iglesia se desmontaría desde sus tejas hasta su viguería, orden inverso al de su construcción, clasificando cada elemento para poderlo restituir en su posición original. Los únicos elementos no desmontados fueron las vigas no afectadas, y el artesonado de la nave central, ante la dificultad de su correcto ensamblaje posterior y posible daño a sus elementos conectores durante el desmontaje y posterior ensamblaje, siendo estas partes las únicas saneadas in situ.
Se proyectó un sistema de pasarelas peatonales de mantenimiento y registro, utilizadas en un primer momento en la ejecución de la obra como estructura auxiliar del apuntalamiento para reparación de los elementos estructurales de la cubierta, y que a la terminación de las mismas sigue utilizándose como plataforma de vigilancia del camaranchón, entre el intradós de la cubierta de madera y el trasdós de las bóvedas encamonadas. También como observatorio de visita por el curioso de aquellas estructuras hoy ocultas de la edificación anterior.